Elle est mentionnée pour la première fois en 1174 lorsque le Pape Alexandre III, par sa bulle du 6 des Calendes de juin 1174, place des prieurés de Saint Marie et Saint Martin de Cotignac sous la dépendance des chanoines réguliers de Saint Augustin de Pignan.
Malgré la construction de 1266 de l’Eglise paroissiale Saint Pierre sur le site actuel du Village, le cimetière du Village restera situé à la chapelle jusqu’en 1582, preuve de l’attachement des villageois à ce lieu.
A la révolution le prieuré fut vendu à différents propriétaires et transformé en bâtiments agricoles ; il faudra attendre 1840 suite à la donation de la chapelle par la famille Allemand pour que celle-ci retourne au culte. Les autres parties de l’ancien prieuré sont restées la propriété de particuliers.
Après huit siècles d’Histoire tumultueuse, la chapelle Saint Martin, a besoin d’être profondément restaurée. De plus les peintures murales découvertes récemment dans la chapelle Nord, datées du XIII ou XIVème siècle, donnent de par leur qualité artistique et leur rareté en Provence, un caractère exceptionnel à cet édifice.
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